蛀牙和牙周病分别是由蛀牙菌和牙周病菌引起的。但即便是蛀牙菌，也是由链球菌等多种细菌共同构成的，牙周病菌也是如此。口腔中有种以上的细菌被称作为“口腔常在菌”，其中很多细菌都相互关联。
年，威洛比.D.米拉(Willoughby.D.Miller)就蛀牙产生的原因发表了“米拉的化学细菌说”。在此之前，人们认为蛀牙就是有虫子在咬噬牙齿，但无法确定是哪种细菌导致了蛀牙，米拉的学说可谓划时代的贡献。年以后，实现了无菌状态下动物的饲养，被认为是蛀牙成因的细菌也因此被找到。如果给实验鼠喂养含有砂糖的饲料，老鼠就会长蛀牙，但是给无菌条件下饲养的老鼠喂食这种饲料，老鼠就不会得蛀牙。通过这个实验，人们发现了数种牙菌，其中最引人注目的是变形链球菌。
为什么长期以来，唯有蛀牙的病原菌无法确定呢?原因在于导致蛀牙的细菌---常在菌每个人口中都有。我们需要将结核病与一般的感染症区分开来。结核病是由于人体感染了通常情况下体内没有的细菌所导致的。常在菌在通常情况下是无害的，甚至有时还能起到防止有害菌入侵的作用。但有一部分细菌会突然活跃，对身体产生危害，这种情况叫做“免疫缺憾性感染”。
常在菌
日常存活在人体内的细菌叫做“常在菌”。常在菌存在于皮肤、口腔、气管、肠道等处，在于外界接触的地方保护着人类。细菌是人类出现以前就存活在地球上的生物，这些细菌互相斗争，寻找适宜生活的地方。随后出现了植物、动物和人，一部分定居在人类皮肤和腹中的细菌与人结成了共荣共存的关系，这些就是常在菌。口腔中也有常在菌。
人体内温度适中，且有稳定食物来源，是细菌存活的好地方。人类每天吃的食物中无法消化的成分是常在菌主要的食物来源，因而，在人体肠内存活的常在菌可以帮助人体消化原本无法消化的食物。
常在菌无法分类
婴儿在母亲体内的时候，是在无菌状态下发育的，他们从出生的那一刻起开始呼吸，接触室内环境，不到一周的时间就和大人一样，接触了数十万的微生物，并且与之结成共生关系，完成从母亲给予的免疫系统到自身防御系统的转变。亲吻可爱的婴儿或是婴儿和母亲公用一个勺子都会沾上细菌。对人而言，常在菌是必然存在的。蛀牙菌和牙周病菌都是常有菌，亲吻或与他人接触中就会互相感染。从有益的常在菌中排除掉有害的细菌是很难的。
而且口腔中的常在菌就如同在互相夺取阵地游戏一样，一种细菌减少，其他细菌遍随之增多，这是“微生物替代现象”。如长期服用抗生素，念珠菌等抗药性霉菌会增多，导致新的疾病发生。所以我们有可能忽略了有害菌也有它重要作用这一点。人类的优点在于会遵循自然规律，因此我们在了解蛀牙菌及蛀牙规律的同时，应该找到与之共存的办法。
专家提示：定期洗牙可预防蛀牙及牙周病
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